La Vicerrectoría Académica de la Universidad de Panamá, fue creada con base al artículo 19 del Decreto de Gabinete No. 144 de 3 de junio de 1969. La Ley 11 de 8 de junio de 1981, contempla en los artículos 25, 26 y 28 las disposiciones generales en relación a esta Vicerrectoría. Mediante Consejo Administrativo No. 13-99 de 8 de septiembre de 1999, se aprueba la reorganización administrativa de la Vicerrectoría Académica.

La Vicerrectoría Académica también ha estado vinculada históricamente a unidades de apoyo académico como la Dirección del Sistema de Bibliotecas, la Dirección de Tecnología Educativa, la Dirección de Admisión según Acuerdo del Consejo Académico No.11-99 de 10 de marzo de 1999 y la Dirección de Evaluación y Perfeccionamiento del Desempeño del Docente, creada mediante el Reglamento del Sistema aprobado en el Consejo Académico No.38-97 de 10 de septiembre de 1997 y ratificado en el Consejo General Universitario No.4-97 de 14 de octubre de 1997.

Hoy mediante la Ley No. 24 Orgánica de la Universidad de Panamá, de 14 de junio de 2005, las funciones de la Vicerrectoría Académica se sustentan y se encuentran consignadas en el Estatuto Universitario.